Compuesto por el tracto digestivo, el cual es un tubo que se extiende de la boca al ano, también se le conoce como intestino y conducto alimentario, los demás órganos complementarios son los dientes, la lengua, glándulas salivares, hígado y páncreas.
La boca se caracteriza por los belfos prensibles, los cuales recogen los alimentos apoyándose con los agudos dientes incisivos que trituran la hierba y la lengua que transporta el alimento a los molares; éstos se caracterizan por tener superficie tipo meseta, cruzadas por arrugas que constituyen un mecanismo triturador entre las quijadas superiores e inferiores.
Es en la boca donde terminan los conductos que vierten los jugos digestivos de las glándulas salivares parótida, submaxilar y sublingual. La parte superior de la boca o techo se forma de un paladar duro después por un paladar blando en la parte posterior, formando parte de la faringe, donde las vías respiratorias y el tracto digestivo se cruzan.
El sistema digestivo podríamos explicarlo de la siguiente forma, el caballo traga el alimento éste, atraviesa la faringe y entra en el esófago, donde pasa al estómago y después al intestino delgado, colon mayor, colon menor y recto. El tracto digestivo es una caja cuyos lados conforman el diafragma en la parte delantera, los músculos que se encuentran bajo la columna vertebral en la parte superior y los músculos del bajo vientre. La cavidad abdominal está cubierta por el peritoneo, los órganos en general se encuentran suspendidos por repliegues (mesenterios y ligamentos) peritonales, uno de los pliegues que se encuentra libre del peritoneo es el epiplón. La parte trasera de la caja se encuentra cerrada por un anillo pélvico, del cual llegan al exterior el recto y tracto urinario y reproductor. En las hembras, la cavidad abdominal se forma también de los ovarios y el útero, en los dos sexos, los órganos urinarios están formados por riñones, uréteres y vejiga.
El caballo a diferencia de otros mamíferos en su sistema digestivo presenta un mayor volumen del tracto el cual se localiza en los cuartos traseros, específicamente en el ciego y el colon, donde se dá el proceso digestivo de las fibras por fermentación bacteriana; además el estómago es muy pequeño, no posee vesícula biliar.
Sistema Endócrino
Constituído por varias glándulas las cuales segregan hormonas, son sustancias derivadas de las glándulas y transportadas por el torrente sanguíneo ejerciendo una acción causando diferentes efectos en las partes del cuerpo.Las hormonas influyen en el metabolismo, crecimiento, defensas naturales envejecimiento y la actividad natural de los músculos tal es el caso del corazón.
Intervienen también en los sistemas reproductivos, tanto en sementales como en yeguas.
Sistema Linfático
Formado por diminutos conductos que llevan un líquido incoloro, denominado linfa, el cual va a las extremidades y otras partes del cuerpo al corazón, aquí la linfa penetra en la corriente sanguínea. En estos diminutos conductos existen unos nódulos conocidos como ganglios linfáticos que purifican la corriente linfática, eliminando las bacterias y otras materias. Este sistema llega a presentar problemas sólo cuando ocurre una inflamación de los ganglios tal es el caso de las adivas u otras enfermedades infecciosas.
Sistema Nervioso
Dividido en Sistema nervioso central y periférico. El sistema Nervioso Central se compone del cerebro y médula espinal, el sistema nerviosos periférico se constituye por los troncos nerviosos los cuales salen del cerebro y otros que nacen en la médula espinal conjuntamente con los que forman el sistema simpático.Dentro de las características más importantes encontramos el desarrollo relativamente grande del cerebelo el cual interviene en el control del movimiento debido al largo trayecto que recorre la médula espinal a través de la región cervical lo cual hace que esta parte sea extremadamente susceptible a diversos traumas y afecciones tal es el caso de enfermedades como el bamboleo.
Este sistema depende de la entrada y salida de mensajes los cuales se reciben y parten del centro.
Existen dos tipos de troncos nerviosos los sensitivos, los cuales llevan los mensajes al sistema nervioso central y los que llevan los mensajes a los diversos músculos donde producen movimiento.
Sistema Respiratorio
Formado por conductos de ventilación de la cabeza, faringe, laringe, traquea, bronquios y pulmones. En los bronquios y pulmones, se intercambia oxígeno y dióxido de carbono entre la sangre y el aire. Se localizan en la cavidad toráxica, cuyas paredes se dilatan y contraen permitiendo que los pulmones se expandan aspirando y compriman exhalando el aire fuera de los pulmones. Se caracteriza por tener senos aéreos de la cabeza y bolsas guturales que son grandes sacos ciegos que se comunican con las trompas de Eustaquio del oído. La laringe debe ser vigilada constantemente ya que en determinado momento puede quedar paralizada en uno de sus lados ocasionando obstrucciones en la entrada de aire. Los bronquios con sus diminutas terminaciones, conocidas como bronquiolos, los cuales comunican los sacos aéreos del pulmón. 
Sistema Urinario y Genital
El sistema urinario está formado por dos riñones, siendo su función el filtrar la sangre formando la orina, la cual pasa a través de los uréteres y de ella al exterior a través de la uretra llegando a la vejiga. La uretra sale del cuerpo junto con el tracto sexual, por la vagina en la hembra y por el pene en el macho.
El sistema genital de la hembra está constituído por dos ovarios, cuya función es la producción de la célula sexual es decir el huevo, trompas de Falopio, útero, cerviz, vagina y vulva.
La hembra al nacer tiene miles de óvulos en los ovarios, y no produce más durante su periodo de vida, cuando se encuentra en su actividad sexual los folículos ováricos desarrollan uno o más huevos rompiéndose para depositarlos en las trompas de Falopio, este proceso es denominado ovulación. Durante la ovulación el folículo sangra, formándose un cuerpo amarillo, el folículo produce estrógenos durante su desarrollo y el cuerpo amarillo produce la hormona progesterona.
El periodo sexual fértil tiene una duración aproximada de dos a cinco días, su periodo inactivo es de 15 días antes de comenzar con el nuevo ciclo. La hembra sólo aceptará al semental cuando esté en su periodo fértil, para tener los resultados deseados es recomendable que la yegua sea cubierta después de 12 horas después de la ovulación, cuando los óvulos son desprendidos del ovario, ésto ocurre el último día de su periodo.
El órgano sexual del macho está formado por dos testículos localizados en el escroto, los cuales producen espermatozoos, que son conductos que comunican a la uretra pasando por el cordón espermático constituído por venas y arterias; también posee glándulas accesorias correspondientes a la próstata, vesículas seminales y glándulas bulbouretrales y el pene que se encuentra en el prepucio.
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